Родился в г. Щелково (пос. Чкаловский) Московской области в семье авиатора, любителя музыки. Первоначальное музыкальное образование получил в Детской музыкальной школе в пос. Чкаловский Московской области (класс фортепиано О. Б. Черняк). В возрасте 11 лет участвовал в постановке детской оперы – пел сольную партию, в том числе в телевизионном показе представления (в 1957 г., в прямом эфире); руководитель детского оперного театра – Народный учитель России В. Н. Чепуров. В 1968 г. окончил Государственное музыкальное училище им. Гнесиных в классах В. А. Кирилловой (сольфеджио), П. Г. Козлова (гармония), В. Н. Холоповой (курс музыкальных форм), Р. И. Барановской (музыкальная литература), М. Н. Ивановой (фортепиано). В эти годы Сапонов пел в камерном хоре училища (под управлением Хосе Фелипе), увлекался изучением «сверх программы» произведений И. Ф. Стравинского, С. С. Прокофьева и Д. Д. Шостаковича. Еще одно серьезное увлечение училищных лет — изучение французского и испанского языков (английским овладел еще в школе), чтение в оригинале произведений Алехо Карпентьера и Альбера Камю, знакомство с самобытной культурой стран Латинской Америки (музыка Амадео Рольдана). Литературная жизнь 1960-х гг. также не обошла его стороной: Сапонов выступал на «авангардных» поэтических чтениях в Москве, участвовал в акциях и «перформансах» концептуального искусства, организовывал литературные вечера, ездил в Ленинград на поэтические чтения, посетил там мастерскую художника В. Шемякина. В 1968–1973 гг. – студент теоретико-композиторского факультета Московской консерватории. На профессиональное формирование Сапонова в студенческие годы решающее влияние оказали учебные курсы таких педагогов, как Ю. А. Фортунатов (история оркестровых стилей), Ю. В. Келдыш, В. Д. Конен, Е. М. Левашёв, Е. М. Царёва, Т. Э. Цытович (история музыки), В. Н. и Ю. Н. Холоповы (теория музыки), А. Г. Шнитке (инструментовка), О. С. Семёнов (история изобразительного искусства). Педагогом по фортепиано был И. Р. Клячко. Студенческие рукописные работы и публикации были посвящены творчеству М. И. Глинки, Г. В. Свиридова, А. Пярта, Л. ван Бетховена, К. Дебюсси, П. Хиндемита, А. Шёнберга. Увлечение иностранными языками помогло в медиевистике: дипломную работу «Музыкальные формы Гильома де Машо» Сапонов выполнил в специальном классе Ю. Н. Холопова и успешно защитил 5 июня 1973 г. (рецензенты: В. В. Протопопов, Б. М. Ярустовский и Т. Э. Цытович). После окончания консерватории Сапонов был оставлен в аспирантуре на кафедре истории зарубежной музыки. Под руководством Т. Э. Цытович защитил кандидатскую диссертацию «Музыкальная культура Кубы» (Московская консерватория, 1978). ноябре 1982 г. Сапонов в составе советской делегации принимает участие в Фестивале советской культуры на Кубе, участвует в работе русско-кубинского музыковедческого конгресса.д влиянием занятий латиноамериканистикой и изучения устных форм профессионализма начал изучать сходные явления в старинной западной музыке. Результат – работа «Искусство импровизации. Импровизационные виды творчества в западноевропейской музыке Средних веков и Возрождения», а также монография «Музыкальное искусство европейских менестрелей» о поэтике менестрельной культуры и игровых форм, ставшая докторской диссертацией (защищена 21 мая 1992 г.) и вышедшая четыре года спустя в виде книги «Менестрели». В 1992 г. Сапонов основал в консерватории музыкальный центр «Коллегия старинной музыки» для приобщения молодых музыкантов к историческим манерам исполнения музыки европейского Ренессанса и Барокко. Частыми стали мастер-классы — клавесинные, органные, ансамблевые, певческие. В 1995 г. немецкий журнал по старинной музыке «Concerto» в своем октябрьском номере опубликовал интервью с Сапоновым о проблемах исполнения старинной музыки в России. С 1990-х гг. Сапонов получает известность за рубежом, читает лекции в США (1991) и в Германии (1998), занимается исследовательской работой в научных учреждениях Германии (Музыковедческий институт при Кёльнском университете, Институт немецкой музыкальной культуры Восточной Европы) и Швейцарии (Фонд и архив Пауля Захера, Базель, 2002), с 1995 г. входит в Объединение музыковедов Центральной и Восточной Европы.Статья о Сапонове помещена во втором издании британской музыкальной энциклопедии New Grove Dictionary of Music and Musicians.